Na seminarium obecni byli przedstawiciele Komisji Europejskiej, Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska, Dyrekcji Generalnej Lasów Państwowych, naukowcy reprezentujący zarówno Komisję, jak i Polskę oraz przedstawiciele organizacji pozarządowych.
Ocenie kompletności poddane zostały siedliska z Załącznika I Dyrektywy siedliskowej oraz gatunki roślin i zwierząt z Załącznika II występujące na terenie Polski, innymi słowy - analizowano sieć pod względem reprezentatywności, siedlisko po siedlisku i gatunek po gatunku w obu regionach biogeograficznych. Zwyczajowo to Komisja Europejska przewodniczy spotkaniu. Wspiera ją w tym jednostka naukowa (na naszym seminarium było to European Topic Centre), która prezentuje zdanie Komisji. Następnie prowadzona jest dyskusja, w której uczestniczy państwo członkowskie, wraz z reprezentującymi je naukowcami oraz organizacje pozarządowe zapraszane przez Komisję Europejską.
Podczas seminarium Komisja Europejska wielokrotnie podkreślała pozytywny odbiór dążenia Polski w kierunku zakończenia tworzenia „siedliskowej" części sieci Natura 2000 i ilość pracy podjętej w ostatnich latach.
Pomimo tego, że w ocenie Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska proces tworzenia kompletnej sieci Natura 2000 w Polsce został zakończony, Komisja Europejska, wskazała na konieczność uzupełnienia dla kilkunastu gatunków oraz siedlisk przyrodniczych.
W regionie biogeograficznym alpejskim należy uzupełnić sieć dla 1 gatunku rośliny (widłoząb zielony), 1 gatunku zwierzęcia (modraszek eroides) i 1 siedliska przyrodniczego (murawy kserotermiczne), co w sumie przekłada się na konieczność utworzenia 1 nowego obszaru oraz powiększenia 1 obszaru już wysłanego do KE - PLH120012 Na Policy.
Dla regionu kontynentalnego, z racji jego dominujących proporcji w stosunku do regionu alpejskiego, należy uzupełnić sieć o nowe obszary dla 8 gatunków roślin, 14 gatunków zwierząt oraz 18 typów siedlisk przyrodniczych. Pomimo konieczności uzupełnienia sieci dla ww. jednostek, w wyniku prowadzonych negocjacji, powyższe liczby przekładają się jedynie na 20 propozycji nowych obszarów oraz na 12 powiększeń obszarów przesłanych do KE w latach wcześniejszych.
Należy podkreślić, że z 12 obszarów, spełniających kryteria obszarów Natura 2000, a wykluczonych z listy proponowanych obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty w październiku 2009 r. na wniosek Ministra Obrony Narodowej, tuż przed akceptacją przez Radę Ministrów, dzięki negocjacjom z KE, prowadzonym na seminarium przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska, do sieci należy włączyć jedynie 7 obszarów, a w stosunku do jednego konieczne jest przeprowadzenie dodatkowych badań.
Podobnie, w odniesieniu do 10 obszarów zaproponowanych przez Centrum Dziedzictwa Przyrody Górnego Śląska, a usuniętych z listy w procesie konsultacji społecznych w roku 2009, Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska wynegocjowała z KE, że jedynie 5 z nich należy włączyć do sieci.
Ponadto, na spotkaniu uzgodniono konieczność uzupełnienia dokumentacji istniejących obszarów, czyli standardowych formularzy danych o potwierdzone informacje pozyskane w ramach monitoringu i badań naukowych.
Kolejnym ustaleniem z posiedzenia była konieczność przeprowadzenia dodatkowych badań w celu sprawdzenia lub potwierdzenia występowania na pewnych terenach, zarówno objętych, jak i nieobjętych obszarami Natura 2000, 32 siedlisk przyrodniczych bądź gatunków roślin i zwierząt (niektóre wymagają potwierdzenia, że nie występują w Polsce lub np. wymarły, ale też, że pojawiły się na terenie naszego kraju, bądź ich dotychczasowy zasięg nie był do końca znany). Może się to wiązać z koniecznością wyznaczenia kilku dodatkowych obszarów. Niemniej jednak, taka ewentualność może wystąpić dopiero po przeprowadzeniu badań, czyli prawdopodobnie w latach 2011-2012.
Dodatkowo ustalono, że w przypadku obszarów położonych w obu regionach biogeograficznych należy uzupełnić standardowe formularze danych o informację na temat występowania w obu regionach - do tej pory obszary przypisane były do tego regionu, w którym znajdowała się ich większa część.
Termin przekazania uzupełnień sieci został ustalony do dnia 1 października 2011 r. (dzień 1 października danego roku jest terminem, do którego Komisja Europejska przyjmuje zmiany w bazach danych państw członkowskich, na podstawie których przygotowywane są decyzje Komisji wydawane w ostatnim kwartale roku następnego). Niemniej jednak, Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska planuje wprowadzenie niektórych korekt w bazie danych obszarów Natura 2000 do dnia 1 października roku bieżącego. Chodzi tu o zmiany czysto techniczne bądź takie, w stosunku do których Dyrekcja posiada dokumentację potwierdzającą ich zasadność, czyli przyrodnicze dane naukowe. Inne korekty, np. wymagające wykonania badań terenowych (określenie granic niektórych nowych obszarów, czy wykonanie dokumentacji do obszarów), zostaną wprowadzone w przyszłym roku.
Jak wspomniano powyżej, Komisja wyraziła głębokie uznanie dla Polski, doceniła ogromny wysiłek podjęty przy uzupełnianiu sieci Natura 2000 oraz podkreśliła, że kończy się czas wyznaczania, a zaczyna się czas efektywnego zarządzania obszarami, a także, że nie przyjmuje więcej list typu Shadow. Nie oznacza to jednak, że w Polsce nigdy już nie mogą zostać wyznaczone żadne obszary - będzie to możliwe np. w przypadku kompensacji przyrodniczej.
