Głównym celem funkcjonowania Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, które uważa się za cenne i zagrożone w skali całej Europy. Drugim jej celem jest ochrona różnorodności biologicznej.
Podstawą funkcjonowania programu są dwie unijne dyrektywy: tzw.: dyrektywa ptasia i dyrektywa siedliskowa:
- Dyrektywa Ptasia (Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa - wcześniej dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa) - określa kryteria do wyznaczania ostoi dla gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem,
- Dyrektywa Siedliskowa (Dyrektywa Siedliskowa - Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory) - ustala zasady ochrony pozostałych gatunków zwierząt, a także roślin i siedlisk przyrodniczych oraz procedury ochrony obszarów szczególnie ważnych przyrodniczo.
W myśl wyżej wymienionych aktów prawa każdy kraj członkowski Unii Europejskiej ma obowiązek zapewnić siedliskom przyrodniczym i gatunkom wymienionym w załącznikach dyrektywy siedliskowej i ptasiej warunki sprzyjające ochronie, lub zadbać o odtworzenie ich dobrego stanu m.in. poprzez wyznaczenie i objęcie ochroną obszarów, na których te siedliska i gatunki występują.
Dyrektywy wyznaczają dwa typy obszarów:
- obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO),
- obszary mające znaczenie dla Wspólnoty (OZW) / specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO).
Obszary specjalnej ochrony ptaków są wyznaczane do ochrony populacji dziko występujących ptaków jednego lub wielu gatunków. Obszary te wyznaczane są indywidualnie przez każde państwo, w oparciu o zidentyfikowane kryteria. Komisja Europejska sprawdza czy krajowa sieć obszarów uwzględnia wszystkie istotne ostoje ptaków w danym kraju oraz czy wyznaczone obszary stanowią spójną całość.
Najważniejszym kryterium wyznaczania obszarów Natura 2000 są wartości przyrodnicze danego terenu. Uwarunkowania społeczne i gospodarcze są analizowane i uwzględniane w procesie opracowywania planów zarządzania poszczególnymi obszarami. Dla każdego obszaru Natura 2000 opracowana jest dokumentacja, która składa się z:
- Standardowego Formularza Danych (Standard Data Form - SDF), w którym zawarte są najważniejsze informacje o położeniu i powierzchni obszaru, występujących typach siedlisk przyrodniczych i gatunkach „naturowych", ich liczebności lub reprezentatywności w skali kraju, wartości przyrodniczej i zagrożeniach,
- mapy cyfrowej w postaci wektorowej.
SDF i mapy będą aktualizowane w miarę postępu wiedzy o występowaniu zasobów przyrodniczych w obszarze Natura 2000 (inwentaryzacja, monitoring przyrodniczy), zgodnie z procedurą określoną przez Komisję Europejską.
Obszar Natura 2000 może obejmować część lub całość obszarów i obiektów objętych innymi formami ochrony przyrody.
Powstanie sieci Natura 2000, która jest światowym ewenementem w zakresie międzynarodowej, obszarowej ochrony przyrody potwierdza, że ochrona zagrożonej różnorodności biologicznej Europy jest jednym z priorytetów działalności Unii Europejskiej.
