Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska nadzoruje funkcjonowanie obszarów Natura 2000, prowadząc ewidencję danych niezbędnych do podejmowania działań w zakresie ich ochrony. Nadzór ten polega na wydawaniu zaleceń i wytycznych w zakresie ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, określaniu zakresu i żądaniu informacji dotyczących ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, a także kontroli realizacji ustaleń planów ochrony i planów zadań ochronnych obszarów Natura 2000.
Regionalni dyrektorzy ochrony środowiska koordynują funkcjonowanie obszarów Natura 2000 na obszarze swojego działania, a także są dla większości obszarów sprawującymi nadzór.
Ponadto sprawującymi nadzór nad poszczególnymi obszarami są dyrektorzy parków narodowych (dotyczy to tych obszarów, które obejmują w całości lub w części teren parku narodowego parków narodowych) oraz dyrektorzy urzędów morskich w odniesieniu do tych obszarów Natura 2000 lub ich części, które znajdują się na obszarach morskich.
Rozkład kompetencji i odpowiedzialności ma służyć podejmowaniu skutecznych działań oraz utrzymaniu właściwego stanu siedlisk i przywracania odpowiedniego stanu na obszarach Natura 2000.
